Chương trình nghiên cứu sinh thái và bảo tồn Rùa được hợp tác giữa Vườn Quốc Gia Cúc Phương với tổ chức Bảo tồn động thực vật hoang dã thế giới (FFI). Mục tiêu của Chương trình nhằm cứu hộ và bảo tồn các loài Rùa cạn và rùa nước ngọt của Việt Nam đang bị săn bắt, buôn bán và do mất môi trường sống.  Đồng thời tiến hành chương trình nâng cao nhận thức cho cộng đồng dân cư đối với công cuộc bảo tồn rùa Việt Nam.

Kể từ khi hợp tác (1998), chương trình đã cứu hộ được hàng ngàn cá thể Rùa tịch thu từ các Chi Cục Kiểm Lâm trên cả nước. Hiện nay đang cứu hộ và nuôi nhốt hơn 1000 cá thể của 20 loài Rùa của Việt Nam, trong đó có 3 loài rùa của Cúc Phương. Đã cho sinh sản thành công 15 loài trong điều kiện nuôi nhốt. Hàng năm tiến hành thả lại môi trường tự nhiên hàng trăm cá thể sau khi cứu hộ.

Một nội dung được Chương trình quan tâm là thu hút sự quan tâm và chia sẻ kiến thức chuyên môn giữa các nhà khoa học và cán bộ bảo tồn trẻ. Tiến hành tổ chức những khóa tập huấn về lĩnh vực bảo tồn rùa và kỹ năng làm việc thực địa cho các nhà sinh học trẻ và sinh viên các trường đại học.

Trong những năm tới, chương trình này sẽ phối hợp với nhóm chuyên gia Rùa IUCN, SSC để tăng cường nguồn vốn và kỹ thuật để phát triển chương trình ngày càng bền vững.

(Danh sách các loài rùa đang cứu hộ bảo tồn)

Tên Khoa học	Tên thường gọi	Sách đỏ IUCN (2008)	Sách Đỏ Việt Nam (2007)	Công ước CITES (2008)	NĐ 32 (2006) NĐ 59 (2005)
Họ rùa đầu to
Platysternon megacephalum	Rùa đầu to	EN	EN	II	II B
Họ Rùa Đầm
Cuora amboinensis  *	Rùa hộp lưng đen	VU	VU	II
Cuora galbinifrons *	Rùa hộp trán vàng Miền Bắc	CR	EN	II
Cuora bourreti  *	Rùa hộp trán vàng Miền Trung	CR	EN	II
Cuora  picturata *	Rùa hộp trán vàng Miền Nam	CR	EN	II
Cuora mouhotii *	Rùa sa nhân	EN		II
Cuora trifasciata	Rùa hộp ba vạch	CR	CR	II	IB
Cyclemys tcheponensis *	Rùa đất Sêpôn	LR
Cyclemys pulchristriata *	Rùa đất Pul-kin	LR
Geoemyda spengleri *	Rùa đất Spengle	EN		III
Heosemys grandis *	Rùa đất lớn	VU	VU	II	II B
Heosemys annandalii *	Rùa răng	EN	EN	II	II B
Malayemys subtrijuga	Rùa ba gờ	VU	VU	II
Mauremys annamensis *	Rùa Trung bộ	CR	CR	II	II B
Mauremys mutica	Rùa câm	EN		II
Mauremys sinensis *	Rùa cổ sọc	EN		III
Sacalia quadriocellata *	Rùa bốn mắt	EN		III
Siebenrockiella crassicollis *	Rùa cổ bự	VU		II
Họ rùa núi
Indotestudo elongata *	Rùa núi vàng	EN	EN	II	II B
Manouria impressa	Rùa núi viền	VU	VU	II	II B
Họ rùa mai mềm
Amyda cartilaginea	Ba ba Nam bộ	VU	VU	II
Palea steindachneri	Ba ba gai	EN	VU	III
Pelochelys cantorii	Giải	EN	EN	II
Pelodiscus sinensis	Ba ba trơn	VU		III
Rafetus swinhoei	Rùa Hoàn Kiếm	CR	CR	III